ایجاد دانشکده طب سنتی اردکان وابسته به دانشگاه علوم پزشکی شهید صدوقي يزد بعد از پيگيري هاي فراوان و موثر مسئولين مربوطه و نماينده محترم شهرستان اردکان در تاريخ ۱۳۹۰/۲/۶در دويست و يازدهمين جلسه شوراي گسترش دانشگاه هاي علوم پزشكي مورد موافقت قطعي قرار گرفت. بعد از اعلام راي نهايي در رابطه با تاسيس دانشكده عمليات اجرايي ساختمان اصلي آن آغاز شد.
دانشکده طب سنتی اردکان در محل قبلی بیمارستان قائم واقع شده است. ساختمان اصلی دانشکده شامل چندين بخش مختلف است. بخش اول آن شامل مجموعه ساختمان اداري است که مشتمل بر حوزه رياست، معاونت آموزشي، معاونت پژوهشي، كارگزيني، اداري مالي، كارشناسان آموزش، كارشناسان پژوهش، IT، حراست، مدیر گروه می باشد.
بخش دوم این مجموعه ساختمان ویژه کلینیک دانشکده است که شامل سالن كنفرانس، كلاس هاي آموزشي، اطاق¬هاي معاينه، اطاق معاينه مخصوص زنان، اطاق عمل مخصوص فصد با شرايط كاملا استاندارد، اطاق مخصوص حجامت با شرايط كاملا استاندارد، اطاق مخصوص ماساژ، اطاق بستري بيماران، اطاق استراحت پزشكان و رختكن مي باشد.
بخش سوم شامل آزمایشگاه دانشکده است.
بخش چهارم پاویون ویژه اساتید و دانشجویان است که جهت راحتي و آسايش کامل پرسنل اين مجموعه در داخل خود دانشکده در نظر گرفته شده است.