این دانشکده بر آن است تا با حفظ و ارتقاء ارزشهای زیر به اهداف و برنامههای پیش بینی شده خود نائل آید:
1- احیاء و توسعه طب سنتی
2- پالایش و به روز آمد نمودن دانش طب سنتی
3- تشریک مساعی یا ادغام طب سنتی در نظام سلامت
4- اعتبار بخشی به فراورده های طبیعی در نظام سلامت کشور
5- معرفی اخلاق پزشکی با محوریت دین مبین اسلام
6- تعالی فرهنگ سلامت در جامعه ایرانی
7_پایبندی به اصول و ارزشهای اسلامی
8_مشتری محوری در سازمان
9_مسئولیت پذیری فردی و گروهی
10_استفاده از خرد جمعی در تصمیمگیریها
11_صرفهجویی (عدم اسراف و هدر دادن منابع)
12_نظم و قانونمداری
13_رعایت احترام در برخورد با کل جامعه، بیماران، خانواده آنان، دانشجویان و همکاران
14_پاسخگویی و مسئولیت پذیری نسبت به سلامت و آگاهی جامعه
15_رعایت اصول اخلاق حرفهای در تعاملات با فراگیران، اعضای هیئت علمی، همکاران و بیماران